直秀一大早就跑到港口，直到上船后才放松下来，这次的回船船主也在船上，他是佐贺锅岛家的商人，平时跑“长崎-下关-大坂”这条航线贩卖货物。船主颇为健谈，直秀在海上无事可做，就和船主谈谈风物给两个学生长长见识。
德川幕府刚成立的时候庆长八年（1603年），为了急缺物资的输入和收拾丰臣政权扩张政策失败后所留下的烂摊子，积极对外贸易，扶桑与中华、高丽、东南亚和西洋各国的贸易因此兴盛。
幕府实行特许权贸易，将特许权“朱印状”颁发给往来于外国与扶桑之间的商船主，史称这种获得特许权的商船为“御朱印船”，船主多是九州的大名、各地豪商、幕府官员和外国商人。输出产品主要有金、银、铜、硫磺、樟脑、稻米、日本刀、漆器、和扇和其它精美手工艺品，输入的主要是丝绸、硝石、呢绒、苏木、鹿皮、染料、香料、铅、锡、糖、药材、高丽参等，当时对扶桑经济影响很大。扶桑当时在造船、航海的技术方面都不及外国所以不便从事转口贸易，但扶桑盛产金、银、铜等贵重金属，所以进出口贸易很是兴旺。
其中比较特殊的是当时的中华和扶桑贸易，因为明朝万历三大征之一的“万历援高丽战争”（高丽称之为“壬辰倭乱”，扶桑称之为“文禄庆长之役”）刚刚结束不久，明朝拒绝了幕府的通商请求。交涉失败后，幕府又尝试借助琉球、高丽等明朝藩属国进行交涉：庆长十一年六月（1606年），幕府获悉明册封使抵达琉球，随向明朝使节请求“复大明与扶桑商贾、通货财之有无”、“自今已往、阜通财贿”，但明廷答复却是严禁琉球与“倭夷”联系。同样，高丽也因战争阴霾，以“古今天下，安有借路于邻国，穿由腹内，而远达于他境”为由拒绝“假道”入贡。扶桑借助两国斡旋的尝试亦告失败，此后幕府虽又多次努力，但始终未得允许。由此，幕府逐渐舍弃官方层面的勘合诉求，转而尝试恢复两国私人贸易。
面对扶桑方面的热切态度，闽、粤、浙诸省商人积极响应，中华往市扶桑者逐年增加。庆长十六年八月（1611年），“大明南蛮异域之商船八十余艘来朝”，翌年七月，又有“大明商船及吕宋归朝船共二十六艘”，载来生丝二十余万斤。截止庆长十九年六月（1614年），当年入长崎之明船更达七十艘。“勘合不成，然南京、福建商舶每岁渡长崎者，自此逐年多多”，一度中断的私人贸易旋又恢复。故终明之世勘合虽未再开，但幕府由重启官方勘合到鼓励私人商船来航的转变，使扶桑恢复了与明朝的贸易往来。
至于高丽，为了将壬辰倭乱中被掳走的高丽人带回国内，经过几次交涉后同意与扶桑通商，从庆长十二年（1607年）之后一直到文化八年（1811年），高丽派出了十二次高丽通信使前往扶桑通商，其中前十一次都到达了江户，最后一次是在对马岛进行。因为以高丽通信使形式进行的通商除了商业外其它外交活动耗费很大，后来两国财力都不能支持，于是自动停止，而民间的通商一直延续，在扶桑对马岛和高丽釜山之间进行。
随着扶桑经济的恢复，对外贸易带来了当时意想不到的问题。
首先是西洋商人和切支丹教士的传教导致幕府的不安感，切支丹传教士、教民与传统的武士统治阶级和本地佛教等发生了各种冲突，甚至有外国商人向幕府将军密报切支丹传教士意图对幕府不利。
其次，对外贸易导致扶桑金、银、铜等贵重金属大量外流，国内商品价格暴涨，引发民间骚乱。
然后，幕府发现九州岛的大名通过对外贸易实力增长迅速，而幕府相对获益不多。
于是，幕府对外国贸易的态度发生了改变。
元和二年（1616年）幕府下令禁止外国船只(除明国船只外)在平户、长崎两港以外靠岸。元和六年（1620年），又禁止扶桑人搭乘外国船只并禁止输出武器。元和八年（1622年）幕府屠杀外国及本土切支丹教士，次年驱逐体葡人出境。宽永元年（1624年）禁止南蛮（西班牙和葡萄牙）船只入境。
宽永十年(1633年)、十一年（1634年)，幕府发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”制度，规定除持有特许证的船外，严禁扶桑人、扶桑船只离开扶桑。“奉书船”制度即出海船只除朱印状外还必须有老中签发的文书，当时只有特许商人才能得到该种许可文书。同时，严格限制外贸，外船来扶桑受监视，限期交易、到期离境，生丝价格由长崎奉行规定(其他商品按生丝标准定价)，禁止官吏直接购买外货，还严令拘捕南蛮人教士，颁布告发教士者的奖励办法。结果朱印船贸易只为幕府特许商人角仓、茶屋(京都)、末吉(大坂)、三浦按针等七家独占，生丝贸易由界、长崎、京都、江户、大坂的商人专营。
宽水十二年(1635年)发布第三次锁国令，禁止包括特许船在内一切扶桑船只驶往外国，去外国的的扶桑人在回扶桑后不问理由一律处死。
宽水十三年(1636年)发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了将南蛮在长崎所生子女及收留或救助这些混血儿童的人一律处死的法令，还有加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的贸易封锁逐步严厉。
宽永十四年（1637年），“岛原之乱”（“天草起义”）爆发，起义的农民以教民为核心反抗领主的苛政和暴行，据城防守打退了幕府联军的第一次、第二次、第三次攻击，还当场打死了幕府派遣的讨伐使板仓重昌，后来幕府动用了超过十二万人的诸侯联军，围城近两个月使起义军弹尽粮绝，之后才攻城成功。
此次事件给幕府、诸大名及当时扶桑社会极大震撼，岛原松仓家被没收领地，家主松仓胜家被判决斩首，成为江户时代大名被斩首的唯一一人（刨腹不算被斩首），天草寺泽家被没收领地，家主寺泽坚高因为精神失常自杀，寺泽家从此断绝。至此引发岛原之乱的两家大名都遭到覆灭的厄运。
因为此事，幕府更加深了对外来文化的恐惧，宽永十六年（1639年）幕府发布第五次也是最后一次锁国令：面禁止外国船只来扶桑，命令各诸侯检查航行船只，提高三倍密告外船走私入境的奖金，并禁绝西洋教会对扶桑教民的一切联系与影响。
宽永十八年（1641年），将兰人一律转移到长崎的人工小岛“出岛”，设立禁书目录限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。除对马岛的高丽扶桑贸易外，幕府只限长崎一港准许中华、兰国船舶通航，因为长崎是幕府天领（直辖地），这样由幕府掌握了对中华和兰国的贸易，另外交易中最重要的商品——生丝交易被持有幕府生丝特许权的豪商集团“丝割符仲间”独占。