对于一个独裁性质的政权，伴随着权力的强化，往往是文化和意识形态的收紧。在一段时间里，蔡元培与蒋介石集团，除了民主与独裁之争，他的“教育独立”的主张与蒋介石集团的“党化教育”政策也越来越格格不入。
“党化教育”，也被国民党人称之为“训政”，是指国民党政权按照蒋介石“以党治国”的主张提出的教育方针。
蒋介石集团的党化教育，重点是中小学和中等师范学校，在全国范围内，其时间上主要是1923至1954年，共31年。由于蔡元培等自由知识分子的顽强抵抗，抗战爆发前国民党的“党化教育”在大学里则要宽松得多。
甲午战争后，严复提出了“公民教育”的概念。民国初，蔡元培担任教育总长期间，政府编写了中小学公民教材，此后，全国各地开展了轰轰烈烈的公民教育运动。
伴随着封建的传统道德理念和封建专制制度一起进入历史，在新的历史条件下重新规范人的行为，告诉人们，什么事能做，什么事不能做，什么事应该做，什么事不应做，也就是对民众进行公民的权力和义务教育，这无疑是进入新的时代必须要做的事。
公民教育是独立的，它并不需要对政府唯命是从、俯首帖耳，它所从事的是民智开启和理性教化的事业，因此能够帮助受教育者对宣传保持较强的独立思考和认知识别。
这种必须的公民教育和蒋介石集团的党化教育是风马牛不同的两回事。
北洋军阀时期，教育界具有一定的自主权。北洋政府对于学校管理基本上采取了“放任态度”，希望学生好好读书，不要过多关心国家大事，以免造成社会动乱。可以说，这是蔡元培在北大提出“学术自由，兼容并包”的一个大的时代背景。
这一时期，称得上是近代中国历史上政治较为宽松的时期，从而也是社会思潮和学术思想最活跃、最开放的时期。
蔡元培曾感慨的回顾那一时期：“那时候，思想和言论的自由，真是达到近乎极点。”
1924年，国民党在广东建立了自己的政权，便着手对整个社会进行控制，其中一项措施就是推行党化教育。主要是通过组织手段，将学校变为党的政治工具，通过调换校长将非国民党人管理的学校改为国民党可控制的学校，在所有国民党控制地区的学校开设“三民主义”之类的课程，灌输国民党的政治主张。
1927年7月,国民政府在广州举行的中央教育行政大会通过决议，要求所有大、中、小学的教职员和学生全部加入国民党；另一项决议规定县视学或督学兼任县党部组织部官员，到各校建立区分部和宣传党的纲领。
1927年8月，国民政府教育行政委员会制订了《学校实行党化教育草案》，为全国推行党化教育的开端。草案规定，先在浙江、江苏推行。规定以国民党训练党员的方法训练学生,以国民党的纪律为学校规约;对学生灌输“一个党,一个主义,一个领袖”的法西斯主义,推行“忠孝仁爱信义和平”所谓“新道德”等。实质是要使学校教育国民党化。
一些地方行动也闻风而动，如上海市成立“党化教育委员会”；浙江省制订《实施党化教育大纲》，要求中学以训练党员的方法训练学生，用党的纪律规范学生的行为。
此种对文化教育的法西斯统治，一开始便遭到蔡元培等进步人士的抨击。
1927年10月，光华大学校长胡适发起批判和抵制党化教育。1928年3月，胡适、梁实秋、闻一多等人在上海创办《新月》杂志，其《人权论集》直指国民党的“训政”。他们较早意识到了党化教育的危害，要求恢复公民教育。
1928年5月，在国民政府大学院召开的第一次全国教育会议上，在蔡元培的主导下，通过废止“党化教育”，实施“三民主义教育”的议案。从而部分恢复了公民教育，也在一定程度上实现了精英治校、教育家管理教育，但国民党政府对学校的控制的状况并没有从根本上得到改变。
1928年9月15日，国民党中央党部指令全国学校增加党义课。此后，北伐战争打到哪里，课程就开到哪里。
国民政府教育部的课程计划规定，党义是高等及初、中等学校全体学生的必修课。开始收敛北洋政府的“放任态度”，实行“严格主义”政策。