1912年，中华民国教育部曾明确规定:“初小、师范、高等师范免收学费，教育、科学、文化之经费在中央不得少于其预算总额15，在省不得少于其预算总额25，在市、县不得少于其预算总额35，其依法设置之教育文化基金及产业，应予保障。”虽然这些规定往往只是流于纸面，但毕竟是反映了当时一部分中国政学两界精英对于教育重要性的认知。
1927年公布的《大学教员资格条例》规定，大学教员的月薪，教授为400元—600元，副教授260元—400元，教授最高月薪600元，与国民政府部长基本持平。
用不着多少知识，就可以发见，在政争中，教育这一块是是很少被牵连其中的，干得好反而会成为可以炫耀的政绩。对于政客来说，借重视师道用学问以装点门面者肯定有之，但深知文化重要者也大有人在。
既然教育工作坏境如此之好，蔡元培在教育总长的位上，为什么这么快就辞职而去呢？
当初，在劝他的副手范源濂出山时曾说过：“现在是国家教育创制的开始，要撇开个人的偏见，党派的立场，给教育立一个统一的智慧的百年大计……教育是应当立在政潮外边的。”
可惜，轮到他自己反而没有做到，因为他辞职的原因恰恰是政治。没有人给他施加压力，更没有人赶他走，只是他自己执意而为。
一个人从说到做，总是要有一段距离，像蔡元培这样优秀的人也不例外。
关于蔡元培辞职的具体经过，本书第一部的相关章节已经做过叙述，在此就不重复了。
蔡元培在辞呈中写道，“元培迂愚无状，猥蒙任命，承乏国务院，两月于兹矣。以大总统之英明，唐总理之同志，谬谓追随其间，当能竭千虑之一得，以贡献于民国。不图理想与事实积不相容，受事以来，旅进旅退，毫不能有所裨益，始信国务重大，诚非迂愚如元培者，所能胜任……今值总理辞职，国务院当然解散。元培窃愿还我初服，自审所能，在社会一方面，尽国民一分子之责任，以赎二月来负职之罪”。
1912年7月2日，蔡元培在向时任临时大总统的袁世凯面辞的时候，袁世凯曾竭力挽留，甚至说：“我代表四万万人坚留总长。”
蔡元培的回答是；“元培亦对四万万人之代表而辞职。”
袁世凯未必不是真心挽留，但蔡元培则是铁了心求去。
毫无疑问，蔡元培若留在教育总长任上，完全可以大施拳脚，继续他的教育救国理想。但是，因为党见和政见而离开，不能不令人惋惜。
有人曾惋惜地责备说蔡元培此举，是“闹党见而不顾及国家”。蔡元培则发表《答客问》而陈述原委。
7月底，蔡元培离京去沪。10余日后，发生了首义元勋张振武及随员方维未经审判便被袁世凯杀害的骇人事件；随后，社会党首领江亢虎又在汉口被无理拘捕。为声讨和制止这些与民主共和体制极不想容的，破坏法制，蹂躏人权的事件，蔡元培和吴稚晖等十余人，发起和组织法律维持会，致电参议院，要求追究当局的法律责任。
进入民国以后，蔡元培活跃于政坛和文化教育界，因故或不愿在这个表演舞台时，他便远走海外，息影于欧洲腹地。这几乎成了他个人生涯的“周期性”现象。
还在蔡元培做教育总长时，曾接到莱比锡大学教授兰普莱西的一封信。请他派遣两名中国留学生参加他主持的世界文明史研究所进行合作研究。蔡元培通过教育部已经确定了公费名额，也正着手人员的选定，只是因为他辞职而没能很快完成。
离开教育部后，他想到了这两个留学名额，又萌生了继续留学深造的想法。恰巧他的好友顾孟余也有此意，蔡元培于是致函接替他主持教育部工作的范源濂，很快得到批准。
于是，1912年的9月，蔡元培偕夫人和子女，与顾孟余夫妇同乘奥地利“阿非利加”号客轮，由海路驶抵德国。