中山先生在欢宴席上的答词接着言道“昔南非洲有某二共和国，以无兵力，卒至被人吞并。可见共和国家，无兵力亦不足救亡。今幸有袁总统善于练兵，以中国之力，练兵数百万，保全我五大族领土云云。”
孙中山说完，再一次举杯高呼袁大总统万岁！中华民国万岁！五大民族万岁！
在孙中山高呼袁大总统万岁时，袁世凯站起高呼中山先生万岁！中华民国万岁！五大民族万岁！
会议的气氛十分的友好、热烈，那场面让与会人员深受鼓舞。
在原本革命党人激烈反对的张振武方维被害事件上，孙中山也逐渐对袁世凯持同情理解的态度。
谈及此事时，他说“据我观之，张、方不可谓无罪。但在鄂都督（指黎元洪）似当就地捕拿，诛之于武昌，即不生此问题。假手于中央，未免自无肩膀。”
似乎张、方二人是该杀的，或者说如果张、方二人有罪当诛，黎元洪“似当就地捕拿，诛之于武昌”，这也就是暗指黎元洪借刀杀人，自己缺乏担责的精神，此事不能怨袁世凯。
于是，引起人们强烈义愤、极大愤慨的“张振武案”，就这样不了了之了。
在军民分治问题上，孙中山认为实现军民分治，就是要“军权收归中央，都督可由中央任命。其他交通、财政、外交、司法，皆为中央独占之大权”。这正是袁世凯最想听，最想办到的事，理所当然得到袁世凯的高度认同。
因为当时跟袁世凯分庭抗礼的主要是南方几个革命党人做都督的省份。加强中央集权在当时的环境下，无非就是加强袁的个人统治。
在政党问题上，孙中山力促袁世凯加入国民党。但袁世凯认为，他加入任何一个党派必然会引起其他党派的不满，作为总统要取超然地位，故而不参加任何政党。实际上，袁世凯也就要凌驾于任何一个党派之上。因为在袁看来，政党政治归根结底仍然只是政治工具，任何一个政党都要服从其统治，而不是他要服从某个政党的管辖。
由于此时国务总理陆征祥已经请辞，袁世凯又请孙中山一起商定下一届内阁总理人选的问题。主要在沈秉堃和赵秉钧二人中择一。当然，他最理想的人选是赵秉钧。
不知中山先生是不是知道了袁世凯心中的想法而投其所好，反正是主动提出“沈无毅力，政治经验远不如赵，万一再为短命内阁，于国民名誉及选举甚有关系。”
这一下又中了袁世凯下怀，既然得到了孙中山的支持，提名赵秉钧就显得更加理所当然了。
在修筑铁路的问题上，孙中山认为，修筑铁路的经费不能以政府名义向外国政府借款，而是以有政府授权的公司名义向外国资本家借款，这样可以避免主权丧失。资金、人才、技术，都可以大胆从西方引进。孙中山进京后大力宣扬的“二十万里铁路”计划得到了袁世凯的大力赞许和支持。
九月十一日，袁世凯发布大总统令，正式任命孙中山为“筹划全国铁路全权”。负责组建全国铁路总公司，规划、修筑全国铁路。公司内部的用人之权，政府一律不加干涉，且每月从中央政府拨款三万元供其作为经费。条件极其优厚，袁世凯摆出的姿态是对中山先生绝对的信任，完全的放手。中山先生个人的薪金也高得惊人，把个人的事办好，这是袁世凯的拿手好戏。
可以说，在这么多天的讨论中，孙袁二人就各重大问题几乎都达成了一致。
黄兴接到孙中山的电报后于九月六日乘坐“铭新”轮由上海北上，于十一日抵达北京。黄兴抵达北京后，也受到了与孙中山一样的盛大欢迎和热情款待。在黄兴抵达前夕，袁世凯发布大总统令，授予黄兴陆军上将军衔。
黄兴抵达北京后，显然对袁世凯的热情接待也特别满意。不过，那个时候，国民党已完成重组，党派利益高于一切的黄兴是逢人就把人家往国民党里拉。虽然拉袁世凯时，袁用婉言谢绝中山先生的理由推脱，但黄兴也有意外收获，因为代理国务总理赵秉钧加入了国民党。