根据联盟协议，原驻扎在杭州的三千新军组成的革命军即日启程南下温州和台州，因为新军起义前，认定童保暄为起义最高将官，所以朱瑞自动让位，让童保暄当了革命军的最高指挥官，革命军随后便效仿振国军和欧洲兵制，将浙南的清兵整合在了一起，建成了一个七千人的师团，下辖三个团，原新军三千人为一个团，旧军分成两个团，新军随后便离开杭州南下温州、丽水。
振国军控制的杭州军政府在杭州被攻占后第二天即宣告成立，颁布的各项政策全部参照上海军政府法令和规章来拟定，包括行政制度，政府下属部门结构，公务员编制等。军政府设立主席一人，由马朝云兼任浙江军政府主席，管理浙江军政要务，行政院的主要官员由军政府负责安排和任命，由汤寿潜、沈钧儒任行政院院长和副院长，下属教育、司法等部门官员从原浙江地方官员之中选拔任用。
浙江省的税收、财政政策也实行上海军政府的新制度，减免税收的条款大体一致，以尽快安定民心，恢复生产，减轻农民负担，使农民生产粮食的积极性大幅提高。
由于有了上海的经验，浙江方面的军政工作安排都比较及时到位，杭州城内也为发生大规模骚乱事件，只有少股流氓、地痞和恶势力趁乱实行打砸抢，被振国军很快平定，整个浙江省都未出现大规模的骚乱事件。
各地部队的改编工作正在紧张进行，对投降振国军持反对意见的原清兵将领此时也大多闭口不言，少数继续发表抵制言论的顽固分子则被揪出来作为典型，驱逐出境，原清兵大部分将领都留任，部分军职由振国军派军官过来接手，以方便振国军对这些改编部队的控制，改编部队随即都被强制剪了辫子，但军服军帽尚未更换，还需要等后方工厂生产出成批量的军服才可。
振国军现在已开始逐步换装统一的淡绿色军装，统一的带前沿的军帽、钢盔和鞋袜、腰带、被褥等，营地宿舍建设也要渐渐统一起来，这部分收编部队将在半个月内完成换装。
位于杭州的浙江军政府机构很快就建立了起来，一周内便可挂牌上岗，目前工作的重心还在军事上，民政工作由行政院安排。
童保暄和朱瑞率领的革命军抵达温州之后的第二天，福建清兵便开始集结福州和宁德等地的一万五千兵力向北奔袭过来，这股清兵走的是福鼎境内的分水关，分水关自古以来是浙江东南沿海通往福建的战略要道，过了分水关，福建清兵就可直逼温州地区，但由于浙东南地区地势险峻，多山地丘陵，所以清兵的行动比在平原地区要滞缓很多，不过一万五千人的兵马对上革命军的七千人，实力显然大大强过对方，长期对抗之下，武器装备处于劣势的革命军很难取胜。
这次清廷已没有丝毫保留，不顾福州等地防务空虚之险，将福建清兵的精锐部队大部北调，含精锐的炮兵、工程兵、骑兵等兵种都派了出来，力求一举击溃浙南的革命军，收复浙南失地，然后直抵振国军南翼，与北洋军一起，南北对振国军形成合围之势，待北洋军大部队奔袭至常州、宜兴等地时，再联合展开行动，向中心压缩振国军的防地，将他们步步逼退到狭小的苏南地区，再伺机剿灭。
但这只是清政府的一个战略计划罢了，计划赶不上变化，振国军也不会坐以待毙，而且振国军并非浙南的革命军可比，强大的炮火和轻武器装备优势就足够能抵挡住数量远大于己方的部队进攻，而且振国军不会坐在原地挨打，找准机会也照样会主动出击。随着武昌起义的临近，李天成并不担心北方赶来的三万多北洋军精锐，他预料到时北洋军必定会分兵讨伐武昌，这样苏南之困便会迎刃而解，到时自己再趁乱添把火，将战场转移到其它省份，继续挖清廷的墙角。
相对弱小的革命军并非这次福建清兵作战的主要对象，革命军刚刚成立，羽翼未丰，而且革命军最致命的一点就是，他们没有自己的兵工厂，财政也相对拮据，武器弹药的持续供给极其困难，而另外一方有清政府的财政拨款支持，清兵的武器弹药供给充足，可以长久不懈地作战。
在联盟协议之中，振国军并未答应必要时向新军提供武器弹药，而且振国军认为此时己方的人员大量扩充，战事吃紧，武器弹药储备并无太多盈余，无法向革命军提供支持，革命军还需自寻出路，实际上振国军的武器弹药供应也感到有些紧张，随着战事的日益频繁，军费开支逐渐加大，振国军的消耗也越来越大，短期内只能自己自足，无法提供外援。
在革命军感到清兵来势汹汹，己方只能防范于一时，但不能防范长久之后，立即向振国军发出了求援信，但他们却同时收到了振国军准备西出衢州仙霞岭，进兵江西、湖南的告知信，这也是联盟协议规定的内容，一方有重大军事行动之前必须知会对方。
振国军这样做是有目的的，就是暂时不向革命军伸出援手，让他们感受到独自抗击清兵的艰难，等待他们最后撑不住的时候，只得将浙南防区交出来，拱手送到振国军手中，这样革命军的地盘一旦被振国军占据，振国军就会呆在浙南再也不走了，别人请自己过去的，总比强夺过来的好听，这样振国军在道义上也能讲得过去，只不过是在这种弱肉强食的年代，振国军也不会心慈手软，该出手时当出手，此时不占浙南更待何时。
革命军刚刚整合起来的七千人之中，有六千之众都投入了保卫温州的战斗之中，但他们为保存实力，没有与对手发生大规模战斗，采取了且战且退的战术，打了两天两夜之后，武器弹药便已出现亏空，有几只部队弹药都打完了，只得退到了后方，由其余部队上来换防，但来势汹汹的清兵不仅兵强马壮，弹药补充也十分充足，正在步步逼进，此时已进入温州苍南地区。
双方在交锋之后的第三天，革命军已看出双方交战的大势，分析出如此下去，不出半个月，他们便会被逼退回到浙北地区，而到时一切还要看振国军的脸色，若是振国军不答应，他们的命运显然会很悲惨。
革命军在走投无路之下，最后只得做出了一个无奈的决定，那就是将浙南的防区交给振国军来防御，革命军将领经过商议认为，与其将地盘让给清政府，不如让给同属于革命队伍的振国军。
童保暄和朱瑞在痛苦地下定决心之后，立即急电马朝云，要求派胡俊毅部南下抵御清兵的进攻，马朝云开始时故意以振国军最近有重大军事行动，不便南调为由断然拒绝，童保暄和朱瑞只好再次发出电文，诚恳地请求振国军南下，电文之中又加了一条，如若振国军南下，浙南的一切事务将交由振国军处理，意思已经很明显，革命军愿意放弃浙南，接受振国军的管辖。
至此革命军在得到浙南不到一周之后，就不得不将之让了出来，以他们的实力，根本无法守住浙南这块地，就算是清政府不北上消灭革命军，长此以往，振国军也不会容忍自己的后方存在一个割据的力量出现，迟早要让将他们摆平，因为振国军最终的目标是占领全国，消灭各地的割据力量，自然不会容忍革命军继续存在，但此时在政治上需要联合他们打击清廷，才采取了争取人心的联盟政策。